Il territorio venne frequentato dall’uomo fin dall’antichità. Il toponimo infatti potrebbe derivare dal bizantino, con riferimento alla presenza di una chiesetta; secondo un’altra ipotesi il riferimento è all’arabo individuando il punto come “porto sicuro”. Qui sorse nel 1266 una tonnara, una delle più importanti e antiche della Sicilia occidentale, distrutta e ricostruita nel 1624. Dopo alcuni decenni di abbandono nel XVIII secolo, venne riattivata nel 1876, passando in gestione a numerose famiglie del Trapanese. Il borgo si sviluppò parallelamente alla fascia costiera a partire dalla tonnara e gli approdi a mare. Inizialmente parte del territorio di Monte San Giuliano (oggi Erice), dal 1955 venne accorpato al nuovo comune di Valderice. Le attività della tonnara e la mattanza vennero interrotte nel 2003; il complesso è oggi un resort.

La struttura urbana storica si distribuisce lungo la fascia costiera con edilizia a schiera e in linea su ridotte elevazioni. Gli isolati di matrice più antica sono di forma prevalentemente quadrangolare e distribuiti su direttrici lineari sviluppando il nucleo originario a ridosso della tonnara e dell’approdo. Successivamente il borgo si è sviluppato con isolati ortogonali che si diramano dalla SP 20 che costeggia il nucleo storico, con propaggini verso la campagna interna.

La memoria collettiva della comunità si connette in maniera indissolubile alla pesca del tonno, la mattanza, le sue figure e ritualità. La tonnara di Bonagia è stata l’elemento generativo del borgo, con l’insediamento che è nato sul fianco della struttura, gravitando fra lo stabilimento e la torre di difesa costiera. Questa eredità storica, culturale e identitaria è tutta racchiusa nelle muciare, le antiche imbarcazioni utilizzate dai tonnaroti e governate dalla sapienza e ritualità del rais. L’Amministrazione locale e il FLAG “Torri e Tonnare del litorale Trapanese” hanno avviato interventi per il loro restauro e valorizzazione a partire dal recupero di 3 di queste.

Un’altra peculiarità della marineria locale è la pesca e la raccolta del corallo rosso, sempre più raro in queste acque, ma sono tante le botteghe artigiane sorte nel territorio trapanese che da molti decenni si sono dedicate alla sua lavorazione per la gioielleria o per vere e proprie opere d’arte.

In sinergia con la Soprintendenza del Mare, sempre con la volontà di riscoprire la storia del comprensorio, si vuole dare il via a campagne di studio archeologico e recupero del Relitto “Grillo”, nave romana individuata nel 2008. L’antico scafo testimonia ancora una volta la storica frequentazione del litorale e le strette relazioni fra la comunità e il mare. Oggi questo rapporto si esprime con maggiore frequenza nella valorizzazione turistico-balneare della fascia costiera.

Bonagia si posiziona su un lembo di territorio ricchissimo di attrattiva storica, paesaggistica e balneare, fra il borgo medievale di Erice e il centro di Trapani da una parte e le splendide spiagge di San Vito lo Capo e la Riserva dello Zingaro dall’altra. La recente attenzione turistica ha così spinto l’edificazione di molte abitazioni stagionali, case vacanze e strutture ricettive, che giovano anche dell’accessibilità e dei collegamenti portuali offerti dalla piccola cittadina.

L’approdo storico del borgo è in prossimità dell’antica tonnara ed oggi è protetto da un piccolo molo. Sono presenti cinque pontili per l’ormeggio di imbarcazioni di piccole dimensioni. L’Amministrazione sta supportando le procedure per la realizzazione del porto turistico per incrementare il numero di approdi e sostenere la vocazione turistica della cittadina.

Tra le risorse architettoniche e paesaggistiche del borgo legate al mare si segnalano:

Tonnara di Bonagia (si veda specifica sezione).

Torre di avvistamento di Bonagia. Struttura di difesa costiera, seguì le vicende storiche della tonnara con cui definisce un unico complesso architettonico. Nel 1626 venne ricostruita secondo le indicazioni militari del periodo. Oggi ospita un museo dedicato alla tonnara.

Chiesetta della Tonnara. Fa parte del complesso della Tonnara ed ospita un crocifisso ligneo del SS. Crocifisso, patrono del borgo, che è portato in processione durante la festa dedicata.